Il rischio ecologico è strettamente collegato con l'attività umana. Può essere determinato da varie cause, tra cui le principali sono rappresentate dall'inquinamento atmosferico, idrico e del suolo. Quando si pensa al rischio ecologico si collega immediatamente la vasta problematica del trattamento dei rifiuti, siano essi industriali, urbani o speciali.
Mestor, in questo campo, è attiva su vari fronti per il trattamento di:

• Inquinamento idrico e del suolo con Software (Gestione delle discariche) e Progetti
• Inquinamento del suolo collegabile al rischio industriale
• Inquinamento atmosferico continuo, improvviso, catastrofico e transiente
  (IRAP – SEVEX)